Surau yang dikenali dengan nama Surau Raudhatul Ulum SM Sains Tuanku Jaafar telah dibina pada 18 April 2008. Pembinaan bangunan ini telah siap sepenuhnya pada 9 Julai 2009. Bermula daripada tarikh tersebut Surau Raudhatul Ulum telah digunakan secara maksimum oleh warga SM Sains Tuanku Jaafar .

Memandangkan keperluan surau yang semakin meningkat , projek penambahan atau pembesaran bangunan ini telah dilakukan pada bulan November 2014 dan alhamdulillah telah siap pada tahun yang sama. Dengan adanya penambahbaikan prasarana surau ini, berbagai aktiviti yang bercorak akademik atau keagamaan dapat di jalankan dengan lebih selesa .

Sejak tahun 2015 sehingga 2016 , surau Raudhatul Ulum di sekolah ini telah dipersetujui oleh Jabatan Agama Islam Negeri Sembilan untuk diguna pakai sebagai masjid kariah Gentam berikutan pembinaan masjid baharu di Kampung Gentam, Kuala Pilah.

Pendermaan kepada Surau Ar-Raudhah ini dibawakan oleh Sujood